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A first linkage map for the European flat oyster, Ostrea edulis towards the identification of Bonamia resistance QTLs ArchiMer
Lallias, Delphine; Beaumont, Andy; Haley, Chris; Heurtebise, Serge; Boudry, Pierre; Lapegue, Sylvie.
The flat oyster Ostrea edulis is an endemic European oyster species, found on both Atlantic and Mediterranean coasts. Its aquacultural production has dramatically decreased due to two successive diseases caused by the intracellular parasites Marteilia refringens and Bonamia ostreae. Since 1985, Ifremer has undertaken a breeding program to produce oyster families which are tolerant to Bonamia. In this context, a genetic map was therefore established as a basis for Quantitative Trait Loci (QTLs) analysis. The reference family was an F2 family coming from a first bi-parental cross between a wild oyster and an individual from the fifth generation inbred line of the Bonamia tolerance selection program. This inbred line had shown no mortality when reared in...
Tipo: Text Palavras-chave: Parasite; Bonamia ostreae; Bonamiosis; QTL; Genetic; Ostrea edulis; Flat oyster.
Ano: 2007 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/2007/acte-3459.pdf
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Algoritmo para cálculo da proporção de genes idênticos por descendência, para mapear QTL em famílias de meio-irmãos R. Bras. Zootec.
Martinez,Mario Luiz; Vukasinovic,Natascha.
O desenvolvimento de mapas de ligação tem estimulado a procura por métodos que permitam mapear genes responsáveis por variação em loci de características quantitativas (QTL). O método de pares-de-irmãos com base na relação entre indivíduos idênticos por descendência (IBD) tem sido utilizado para mapear QTLs. O objetivo deste trabalho foi estender o método de HASEMAN e ELSTON (1972) para se estimar a proporção (pi) de genes IBD em famílias de meio-irmãos. Os resultados obtidos sugerem que os procedimentos usados foram eficientes para se estimar p, mesmo quando os genótipos dos pais foram parcial ou totalmente desconhecidos.
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Genes idênticos por descendência; Meio-irmãos; QTL.
Ano: 2000 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982000000200018
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Apport des informations moléculaires et cellulaires pour la caractérisation de la résistance de l'huître plate européenne vis-à-vis de la bonamiose, et pour la détection de signatures de la sélection naturelle ArchiMer
Harrang, Estelle.
The European flat oyster, an endemic species from European coasts, has been classified in the category of "endangered and/or declining species" since 2003. Indeed, the natural beds of this oyster, consumed since ancient times, have gradually been decimated by over-exploitation and by successive emergence of parasitic diseases. The parasite that causes the disease called bonamiosis has contributed to drastically reduce the French and European aquacultural production of flat oyster. Marine bivalve molluscs display two specificities that restrict possibilities to fight against diseases: they are grown in an open environment, and possess an innate immune system lacking in adaptive response. In this context, the selection of animaIs naturally resistant to...
Tipo: Text Palavras-chave: Huître plate Européenne; Ostre edulis; Bonamiose; Bonamia ostreae; Marqueurs SNP; Expression génique; Activité hémocytaire; Cartographie de liaison; QTL; EQTL; Populations naturelles; Diversité génétique; Sélection naturelle; European flat oyster; Ostrea edulis; Bonamiosis; Bonamia ostreae; SNP markers; Gene expression; Haemocytic activity; Linkage map; QTL; EQTL; Natural populations; Genetic diversity; Genetic structure; Natural selection.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00127/23785/21702.pdf
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Associação de marcadores microssatélites com teores de óleo e proteína em soja PAB
Rodrigues,Josiane Isabela da Silva; Arruda,Klever Márcio Antunes; Cruz,Cosme Damião; Piovesan,Newton Deniz; Barros,Everaldo Gonçalves de; Moreira,Maurilio Alves.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a associação de marcadores microssatélites localizados próximos a locos de caracteres quantitativos (QTL) descritos na literatura, com os teores de óleo e proteína de genótipos de soja cultivados no Brasil. Quarenta e nove genótipos de soja foram avaliados em Viçosa, MG (12/2009); Visconde do Rio Branco, MG (2/2010); e São Gotardo, MG (2/2010 e 10/2011). Utilizou-se o delineamento de blocos ao acaso, com três repetições. Os teores de óleo e proteína foram determinados por espectrometria do infravermelho. Foi observada ampla variabilidade genética para esses teores. Dos 65 marcadores microssatélites testados, 35 apresentaram associação significativa com pelo menos um dos teores, mas poucos foram consistentes com a...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Glycine max; Melhoramento; QTL; Seleção assistida.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2013000300003
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Association of a locus on rat chromosome 4 with anxiety-related behaviors in two selectively bred rat lines Genet. Mol. Biol.
Hameister,Thaïs M.; Izídio,Geison S.; Valiati,Victor H.; Ramos,André.
The Floripa H and L rat lines, selected for high and low locomotion in the central aversive area of an open field, a widely used emotionality test, were proposed as a model for studying the genetic basis of anxiety. The present study aimed to verify if the QTL Ofil1, mapped to rat chromosome 4 and previously identified as being related to emotionality in another population of rats, contributes to the behavioral variability observed in the Floripa rat lines. To this purpose, rats of five generations of selective breeding were genotyped for two polymorphic markers, D4RAT59 and D4MGH27, flanking Ofil1. Changes in genotype and allele frequencies throughout generations were evaluated in both H and L lines, in order to assess if the bidirectional selection based...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Emotionality; Rat lines; Behavior genetics; Open field.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572008000500008
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Caracterização de linhagens endogâmicas recombinantes e mapeamento de locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum PAB
Faleiro,Fábio Gelape; Schuster,Ivan; Ragagnin,Vilmar Antônio; Cruz,Cosme Damião; Corrêa,Ronan Xavier; Moreira,Maurílio Alves; Barros,Everaldo Gonçalves de.
O objetivo deste trabalho foi caracterizar 154 linhagens endogâmicas recombinantes por meio da avaliação de características quantitativas, morfológicas, moleculares e de resistência a doenças e mapear locos de características quantitativas associados a ciclo e produtividade do feijoeiro-comum. Adotando o valor do limite de detecção (LOD) de 4,0 e uma freqüência máxima de recombinação de 0,40, foram mapeados 43 marcadores em nove grupos de ligação cobrindo uma distância de recombinação total de 247,8 cM. A distância entre marcadores adjacentes variou entre 0 e 28 cM, com média de 7,3 cM. Os grupos de ligação variaram em tamanho de 2,3 a 61,2 cM. Os genes de resistência à ferrugem e à antracnose ficaram localizados no mesmo grupo de ligação. Foram mapeados...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Phaseolus vulgaris; QTL; Mapa genético; Progênie; Marcador genético; Método de melhoramento.
Ano: 2003 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2003001200005
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Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos PAB
Mollinari,Marcelo; Margarido,Gabriel Rodrigues Alves; Garcia,Antonio Augusto Franco.
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência, na construção de mapas genéticos, dos algoritmos seriação e delineação rápida em cadeia, além dos critérios para avaliação de ordens: produto mínimo das frações de recombinação adjacentes, soma mínima das frações de recombinação adjacentes e soma máxima dos LOD Scores adjacentes, quando usados com o algoritmo de verificação de erros " ripple" . Foi simulado um mapa com 24 marcadores, posicionados aleatoriamente a distâncias variadas, com média 10 cM. Por meio do método Monte Carlo, foram obtidas 1.000 populações de retrocruzamento e 1.000 populações F2, com 200 indivíduos cada, e diferentes combinações de marcadores dominantes e co-dominantes (100% co-dominantes, 100% dominantes e mistura com 50%...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Algoritmo ripple; Dados perdidos; Marcadores dominantes e co-dominantes; Método Monte Carlo; QTL.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2008000400009
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Comparative mapping reveals quantitative trait loci that affect spawning time in coho salmon (Oncorhynchus kisutch) Genet. Mol. Biol.
Araneda,Cristian; Díaz,Nelson F.; Gomez,Gilda; López,María Eugenia; Iturra,Patricia.
Spawning time in salmonids is a sex-limited quantitative trait that can be modified by selection. In rainbow trout (Oncorhynchus mykiss), various quantitative trait loci (QTL) that affect the expression of this trait have been discovered. In this study, we describe four microsatellite loci associated with two possible spawning time QTL regions in coho salmon (Oncorhynchus kisutch). The four loci were identified in females from two populations (early and late spawners) produced by divergent selection from the same base population. Three of the loci (OmyFGT34TUF, One2ASC and One19ASC) that were strongly associated with spawning time in coho salmon (p < 0.0002) were previously associated with QTL for the same trait in rainbow trout; a fourth loci (Oki10)...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Coho salmon; QTL; Spawning time.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000300019
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Detecção de QTL em dados de famílias estruturadas como as de um núcleo MOET por meio do método da regressão Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Peixoto,M.G.C.D.; Martinez,M.L.; Teodoro,R.L.; Machado,M.A.; Carvalho,M.R.S.; Gomes,F.C.; Verneque,R.S..
O objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão em detectar QTL com base na utilização de dados da estrutura de família (irmãos completos e meios-irmãos), como aqueles gerados em um núcleo MOET. Foram simulados dados fenotípicos e genotípicos em uma estrutura de núcleo MOET fechado de seleção. Três arquivos foram analisados, contendo: a) informações conjuntas de irmãos completos e meios-irmãos; b) apenas informações de irmãos completos e c) apenas informações de meios-irmãos. Verificou-se que o método da regressão, para dados discretos ou contínuos, foi capaz de detectar associações entre marcador e QTL em níveis bastante expressivos de significância (P<0.001 e P<0,0001), quando se utilizou o arquivo que continha informações...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: QTL; Poder de detecção; Marcador molecular; Estrutura de família.
Ano: 2009 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352009000400024
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Detection and mapping of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population PAB
Rosado,Tatiana Barbosa; Tomaz,Rafael Simões; Rocha,Rodrigo Barros; Rosado,Antônio Marcos; Alves,Alexandre Alonso; Araújo,Elza Fernandes de; Alfenas,Acelino Couto; Cruz,Cosme Damião.
The objective of this work was to verify the existence of a lethal locus in a eucalyptus hybrid population, and to quantify the segregation distortion in the linkage group 3 of the Eucalyptus genome. A E. grandis x E. urophylla hybrid population, which segregates for rust resistance, was genotyped with 19 microsatellite markers belonging to linkage group 3 of the Eucalyptus genome. To quantify the segregation distortion, maximum likelihood (ML) models, specific to outbreeding populations, were used. These models consider the observed marker genotypes and the lethal locus viability as parameters. The ML solutions were obtained using the expectation‑maximization algorithm. A lethal locus in the linkage group 3 was verified and mapped, with high confidence,...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Eucalyptus; Gametic selection; Genetic mapping; QTL; Rust resistance; Segregation distortion.
Ano: 2011 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0100-204X2011000900008
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Detection of a novel quantitative trait locus for cold tolerance at the booting stage derived from a tropical japonica rice variety Silewah OAK
Mori, Masahiko; Onishi, Kazumitsu; Tokizono, Yoshiro; Shinada, Hiroshi; Yoshimura, Toru; Numao, Yoshinori; Miura, Hideho; Sato, Takashi; 大西, 一光; 三浦, 秀穂.
Cold stress at the booting stage in rice induces spikelet sterility because of aberrant microspore development, which often seriously damages seed production. Some breeding lines with high cold tolerance were developed by using tropical japonica variety Silewah as a donor of cold tolerance; however, the genetic factors that confer cold tolerance of this variety have not been comprehensively analyzed. In this study, phenotypic and molecular characterization of novel cold-tolerant strains derived from crosses with Silewah was performed to identify quantitative trait loci (QTLs) responsible for cold tolerance. Molecular marker analysis revealed that 2 cold-tolerant strains carried chromosomal segments of Silewah at the same genomic regions on chromosomes 3, 4...
Palavras-chave: Oryza sativa; Cold tolerance; Booting stage; QTL; Phenotypic selection; Marker-assisted selection; Exotic germplasm.
Ano: 2011 URL: http://ir.obihiro.ac.jp/dspace/handle/10322/3040
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Differential allelic expression of IL13 and CSF2 genes associated with asthma Genet. Mol. Biol.
Burkhardt,Jana; Kirsten,Holger; Wolfram,Grit; Quente,Elfi; Ahnert,Peter.
An important area of genetic research is the identification of functional mechanisms in polymorphisms associated with diseases. A highly relevant functional mechanism is the influence of polymorphisms on gene expression levels (differential allelic expression, DAE). The coding single nucleotide polymorphisms (SNPs) CSF2rs25882 and IL13rs20541 have been associated with asthma. In this work, we investigated whether the mRNA expression levels of CSF2 or IL13 were correlated with these SNPs. Samples were analyzed by mass spectrometry-based quantification of gene expression. Both SNPs influenced gene expression levels (CSF2rs25882: p overall = 0.008 and pDAE samples = 0.00006; IL13rs20541: p overall = 0.059 and pDAE samples = 0.036). For CSF2, the expression...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Candidate gene; Gene expression; Gene polymorphism; QTL.
Ano: 2012 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572012000400004
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Dissecting the genetic architecture of complex traits and its impact on genetic improvement programs: lessons learnt from the Virginia chicken lines R. Bras. Zootec.
Pettersson,Mats E.; Carlborg,Örjan.
Long-term selection experiments provide a valuable resource for understanding the genetic changes that take place in animal improvement programs. The Virginia chicken lines have for more than 50 years been subjected to single-trait, bi-directional, divergent selection for high and low juvenile body weight. It is one of the most well studied experimental populations in agricultural animals and has played an instrumental role in the understanding of the genetic basis of complex traits. In this paper, we summarize the findings from the more recent publications focusing on the efforts to identify the loci contributing to selection response as well as discuss the currently ongoing research. We conclude by describing some future research prospects that promise...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Body weight; Chicken; Epistasis; Metabolic; QTL; Selection.
Ano: 2010 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1516-35982010001300028
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Endogamia e limite de seleção em populações sob seleção assistida por marcadores moleculares Arq. Bras. Med. Vet. Zootec.
Jangarelli,M.; Euclydes,R.F..
Foram utilizados diferentes níveis de significância genômica na seleção assistida por marcadores para estimar a endogamia média e o limite de seleção, assim como os valores fenotípicos, em características quantitativas de baixa, média e alta herdabilidade. Uma comparação entre os níveis de 1%, 5%, 10% e 20% foi realizada por meio do sistema computacional de simulação genética (GENESYS), utilizado para a simulação de três genomas (cada qual constituído de um único caráter de baixa, média ou alta herdabilidade), e das populações base e inicial. Os resultados indicaram superioridade dos níveis de significância de maior magnitude (10% e 20%) com relação aos valores fenotípicos, resultante de menor média endogâmica, além de menor limite de seleção ao longo das...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Herdabilidade; Nível de significância; Simulação; QTL.
Ano: 2008 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0102-09352008000600028
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Epistasis interaction of QTL effects as a genetic parameter influencing estimation of the genetic additive effect Genet. Mol. Biol.
Bocianowski,Jan.
Epistasis, an additive-by-additive interaction between quantitative trait loci, has been defined as a deviation from the sum of independent effects of individual genes. Epistasis between QTLs assayed in populations segregating for an entire genome has been found at a frequency close to that expected by chance alone. Recently, epistatic effects have been considered by many researchers as important for complex traits. In order to understand the genetic control of complex traits, it is necessary to clarify additive-by-additive interactions among genes. Herein we compare estimates of a parameter connected with the additive gene action calculated on the basis of two models: a model excluding epistasis and a model with additive-by-additive interaction effects....
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Additive gene action effect; Barley; Doubled haploid lines; Epistasis; QTL.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000100013
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Etude transcriptomique, génétique et fonctionnelle de la gamétogenèse chez l'huître creuse Crassostrea gigas ArchiMer
Bigot, L.; Dubos, M. P.; Dheilly, N.; Favrel, P.; Kellner, K.; Lelong, C.; Martinez, A. S.; Riviere, G.; Santerre, C.; Sourdaine, P.; Degremont, Lionel; Flahauw, Emilie; Hatt, Philippe-jacques; Heurtebise, Serge; Lapegue, Sylvie; Azzouzi, N.; Galibert, F.; Boudry, Pierre; Corporeau, Charlotte; Fabioux, Caroline; Guevelou, Eric; Huvet, Arnaud; Sussarellu, Rossana.
Le projet GAMETOGENES vise à améliorer les connaissances des bases physiologiques et génétiques de la reproduction et des métabolismes associés chez un mollusque d'importance économique l'huître creuse, Crassostrea gigas. Il a pour objectifs (1) la définition de marqueurs clés de la gamétogenèse, de l'investissement reproducteur et du déterminisme du sexe chez une espèce hermaphrodite à protandrie irrégulière (2) la recherche de QTL de survie aux mortalités estivales ou à l'effort de reproduction dont le succès repose sur l'augmentation de la densité de marqueurs sur les cartes génétiques existantes (SNP en particulier) et sur les liens qui pourront être établis entre ces cartes de liaison et une carte physique (3) le développement d'outils pour valider la...
Tipo: Text Palavras-chave: Génétique; Huître creuse; Crassostrea gigas; Gamétogenèse; QTL; Marqueur; Physiologie.
Ano: 2012 URL: http://archimer.ifremer.fr/doc/00107/21781/19355.pdf
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Exploratory analysis of single nucleotide polymorphism (SNP) for quantitative traits AgEcon
Cleves, Mario A..
With the decreasing cost and the increasing ability to quickly genotype single nucleotide polymorphisms (SNP) across the human genome, large databases containing possibly hundreds of typed SNPs are becoming common in population-based studies of quantitative traits. Testing for association between individual SNPs and the quantitative trait is an important first step in the discovery of disease susceptibility SNPs. This task, however, could be time-consuming and tedious if a large number of SNPs is involved. In this article, I introduce two new commands designed to facilitate the screening and testing of multiple SNPs for possible association with quantitative traits.
Tipo: Journal Article Palavras-chave: Hwsnp; Qtlsnp; Genetic epidemiology; Genetic linkage; QTL; Biallelic marker; Single nucleotide polymorphisms; Hardy–Weinberg; Research Methods/ Statistical Methods.
Ano: 2005 URL: http://purl.umn.edu/117508
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Fine mapping and single nucleotide polymorphism effects estimation on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17 and X Genet. Mol. Biol.
Hidalgo,André M.; Lopes,Paulo S.; Paixão,Débora M.; Silva,Fabyano F.; Bastiaansen,John W.M.; Paiva,Samuel R.; Faria,Danielle A.; Guimarães,Simone E.F..
Fine mapping of quantitative trait loci (QTL) from previous linkage studies was performed on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17, and X which were known to harbor QTL. Traits were divided into: growth performance, carcass, internal organs, cut yields, and meat quality. Fifty families were used of a F2 population produced by crossing local Brazilian Piau boars with commercial sows. The linkage map consisted of 237 SNP and 37 microsatellite markers covering 866 centimorgans. QTL were identified by regression interval mapping using GridQTL. Individual marker effects were estimated by Bayesian LASSO regression using R. In total, 32 QTL affecting the evaluated traits were detected along the chromosomes studied. Seven of the QTL were known from previous studies using...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/article Palavras-chave: Bayesian LASSO Piau breed pig genetics; QTL.
Ano: 2013 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1415-47572013000400009
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Genetic control of seed dormancy and pre-harvest sprouting in wheat Scientia Agricola
Andreoli,Claudinei; Bassoi,Manoel Carlos; Brunetta,Dionisio.
Pre-harvest sprouting (PHS) damage leads to occasional massive losses in all wheat producing areas, causing downgrading of grain quality, that severely limits end-use applications and results in substantial financial losses to farmers and food processors. Red grain color is a traditional marker for resistance to sprouting in wheat breeding programs, however red-grained genotype alone does not always guarantee effective resistance. The objective of this work was to find genes for resistance to PHS and investigate its inheritance in Brazilian wheat cultivars. Genetic variation for dormancy was investigated in the parents, F1 and 300 F2 lines derived from the cross Frontana × OR1 and its reciprocal. The germination/dormancy sprouted grains was evaluated on...
Tipo: Info:eu-repo/semantics/report Palavras-chave: Triticum aestivum; QTL; Alpha-amylase; Digenic model; Phenotype.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.br/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0103-90162006000600009
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Genetic engineering applications in animal breeding Electron. J. Biotechnol.
Montaldo,Hugo H..
This paper discusses the use of genetic engineering applications in animal breeding, including a description of the methods, their potential and current uses and ethical issues. Genetic engineering is the name of a group of techniques used to identify, replicate, modify and transfer the genetic material of cells, tissues or complete organisms. Important applications of genetic engineering in animal breeding are: 1) Marker-assisted selection (MAS). The objective of this technology is to increase disease resistance, productivity and product quality in economically important animals by adding information of DNA markers to phenotypes and genealogies for selection decisions. 2) Transgenesis, the direct transfer of specific genes/alleles between individuals,...
Tipo: Journal article Palavras-chave: Adult mammalian cloning; Biotechnology; Gene mapping; GMOS; MAS; QTL; Transgenics.
Ano: 2006 URL: http://www.scielo.cl/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0717-34582006000200010
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